Με τον όρο διαχείριση συλλογών και αρχείων εννοούμε το σύνολο των ενεργειών του Μουσείου που σχετίζονται με την εισαγωγή-απόκτηση αντικειμένων και αρχειακού υλικού, την τεκμηρίωση, τη συντήρηση, την αποθήκευση, την παρουσίαση και προβολή τους (εκθέσεις, εκδόσεις, εκπαιδευτικά προγράμματα, άλλες δραστηριότητες).

Πρόκειται για όλες εκείνες τις αφανείς, αλλά εξαιρετικά χρονοβόρες και επίπονες εργασίες, που τα αποτελέσματά τους καρπώνεται το Μουσείο για την εκπλήρωση των σκοπών και των στόχων του. Εργασίες, που ασκούν καθημερινά, με σχολαστική επιμέλεια και βάσει των σύγχρονων μουσειολογικών αρχών, οι ερευνητές και οι ειδικοί συνεργάτες του Μουσείου.