Τα αντικείμενα του παραδοσιακού πολιτισμού απειλούνται σήμερα με εξαφάνιση. Η διάσωσή τους με στόχο τη μεταβίβασή τους στις επόμενες γενιές αποτελεί χρέος του Λ.Ε.Μ.Μ.-Θ. και αποδεικνύει το ενδιαφέρον του για την παράδοση. Η καλή συντήρηση και αποθήκευση των αντικειμένων συνιστούν βασικές προϋποθέσεις διαφύλαξής τους. Το υλικό και η πορεία τους μέσα στο χρόνο και το χώρο καθορίζει τη φυσική τους κατάσταση. Η φυσιολογική φθορά της ύλης (ύφασμα, ξύλο, μέταλλο, πηλός, δέρμα, γυαλί, χόρτο κ.α.) επιτείνεται πολλές φορές και από την εγκατάλειψη των αντικειμένων σε ακατάλληλες συνθήκες (φως, υγρασία, ξηρασία, περιβάλλον εκκόλαψης βλαπτικών μικροοργανισμών -σκόρος, σαράκι- κ.α.).

Η προληπτική και συστηματική συντήρηση των αντικειμένων, η αποθήκευση, η έκθεση και η μεταφορά τους, όταν χρειαστεί, με τήρηση των απαιτούμενων προδιαγραφών ασφάλειας, είναι κύριο μέλημα του Μουσείου.

Το Λ.Ε.Μ.Μ.-Θ. διαθέτει μόνιμο εργαστήριο συντήρησης, το οποίο στεγάζεται στο κτήριο Χριστοδούλου. Εκεί, με τη χρήση σύγχρονων μεθόδων και τεχνολογιών συντηρούνται από εξειδικευμένους συντηρητές-επιστήμονες αντικείμενα της συλλογής. Στις προτεραιότητες του οργανισμού είναι και η διαρκής ενημέρωσή του για τις νέες τάσεις, νέα υλικά, καθώς και τεχνικές συντήρησης, μεριμνώντας  πάντα για την προάσπιση της υγείας του ανθρώπου.

Από τα μέσα της δεκαετίας του ’80 η παρουσία του Μουσείου -είτε με διοργάνωση, είτε με απλή συμμετοχή- σε προγράμματα-εκθέσεις-εκδηλώσεις σχετικά με τη συντήρηση λαογραφικών αντικειμένων αποτυπώνεται στα εξής:

-  1981, 1983: Συμμετοχή δύο ερευνητών σε σεμινάρια Προληπτικής Συντήρησης του Ι.C.C.ROM. (Διεθνές Κέντρο Συντήρησης και Αποκατάστασης Μνημείων) στη Ρώμη,

- 1985: Μεταφορά της κινητής έκθεσης  του I.C.C.ROM. με τίτλο «Προληπτική Συντήρηση στα Μουσεία - Έλεγχος του Φωτισμού, Έλεγχος του Κλιματισμού», στο Βαφοπούλειο Πνευματικό Κέντρο (σε συνεργασία με το ελληνικό τμήμα του Ι.C.O.M.),

- 1993, 1994: Διοργάνωση εκπαιδευτικού προγράμματος με τίτλο «Επαγγελματική Κατάρτιση Συντηρητών Κειμηλίων» επιδοτούμενου από το Ευρωπαϊκό Κοινοτικό Ταμείο (Ε.Κ.Τ.) της Περιφέρειας Κεντρικής Μακεδονίας,

- 1995: Διοργάνωση εκπαιδευτικού σεμιναρίου με θέμα τη συντήρηση κινητών μνημείων πολιτιστικής κληρονομιάς. Τα αποτελέσματα και ο απολογισμός του έργου παρουσιάστηκαν σε διημερίδα που πραγματοποιήθηκε το ίδιο έτος στο Πολιτιστικό Κέντρο της Νομαρχίας Θεσσαλονίκης. Το 2002 το Λ.Ε.Μ.Μ.-Θ. εξέδωσε τα πρακτικά της συνάντησης με τον τίτλο «Εθνογραφικά Μουσεία - Από την Παράδοση στη Σύγχρονη Τεχνολογία και τη Συντήρηση».

Όσον αφορά στην αποθήκευση, τα περισσότερα αντικείμενα του Μουσείου φυλάσσονται σε χώρους του, κατάλληλα διαμορφωμένους: κτήριο Χριστοδούλου και παράρτημα. Ένα μεγάλο μέρος από τις συλλογές, κυρίως ογκώδη αντικείμενα, βρίσκονται ασφαλισμένα σε αποθήκη ιδιωτικής εταιρείας στη Θεσσαλονίκη. Καθώς ο ανθρωπογενής παράγοντας αποτελεί μια από τις βασικότερες αιτίες φθοράς των αντικειμένων, το φυλακτικό προσωπικό του Μουσείου με τη διακριτική παρουσία του στους χώρους των εκθέσεων διασφαλίζει, κατά το δυνατό, την προστασία των αντικειμένων από το κοινό. Ίδια μέριμνα λαμβάνεται και για την προστασία και συντήρηση των Αρχείων του Μουσείου.

Όλοι οι χώροι με τα μουσειακά αντικείμενα και τα αρχεία, εκθέσεις και αποθήκες, φυλάσσονται και προστατεύονται καθημερινά όλο το 24ωρο.